Секретаријат Министарства обавља послове од заједничког интереса за Министарство који се односе на кадровска, финансијска, рачуноводствена, информатичка и административна питања.
Секретаријат спроводи јавне набавке, планирање рада и извештавање о раду Министарства.
Секреатријат се стара о слободном приступу информацијама од јавног значаја, заштити података о личности, безбедности и здрављу на раду, тајности података и пословима одбране.
Брине о средствима за рад и руковању опремом и усклађује рад унутрашњих јединица.